La Commission scolaire est dirigée par un conseil constitué de 21 commissaires élus au suffrage universel par la population et de deux commissaires-parents représentant les ordres d'enseignement primaire et secondaire. Ces derniers sont désignés par le Comité central de parents; leur mandat est d’une année.

Le Conseil des commissaires détermine les grandes orientations, les objectifs, les priorités et les valeurs que privilégie la Commission scolaire. Il adopte les grandes politiques pédagogiques et administratives, définit les paramètres généraux et les modes de fonctionnement, administre les ressources disponibles en les répartissant équitablement, évalue les résultats des opérations et s'assure du respect des lois et règlements.

Le Conseil se réunit à l'occasion de 10 séances ordinaires statutaires par année. Toutes les séances ordinaires, ainsi que toutes les séances d'ajournement ou extraordinaires pouvant s'ajouter, sont publiques. La population est invitée à assister à ces réunions, où elle dispose d'ailleurs d'une période de questions. Le résumé des décisions prises dans le cadre de ces séances est présenté dans l'édition mensuelle de L'Aperçu des dossiers traités.

Les mandats des commissaires sont de quatre années. Les élections scolaires prévues pour l’automne 2011 ont toutefois été reportées en vertu de la Loi 86, afin de favoriser le déploiement des conditions liées à l’exercice de la démocratie.